La Gran Guerra entre los seres Biológicos y los robots terminó con la victoria de estos últimos. La Unión Robótica, con el poderoso Atlas al mando, rige la galaxia. Aquellos considerados útiles reciben un permiso de vida, pero a otros solo les espera la muerte. Algunos rebeldes subsisten como pueden dispersos y desunidos, pero Zafiro, Leo y Sharaku han quedado atrapados en la misteriosa nave Fénix cuando es atacada por un aterrador parásito, ¡solo el misteriosos cibercirujano Black Jack podrá ayudarlos! Mientras tanto, en la zona Hermética, el paciente Alfa sigue preso por la Unión Robótica.
